Secara umum pembuatan dokumen SPMI terbagi atas 2 (dua) cara, yaitu : Cara pertama, dokumen kebijakan mutu, dokumen manual mutu dan dokumen standar serta dokumen Formulir, dibuat terpisah. Khusus dalam dokumen standar semua standar dimasukan ke dalam 1 buku, sehingga secara umum akan ada 4 buku (dokumen) yaitu buku Kebijakan Mutu, Buku Manual Mutu, Buku Standar Mutu (dapat berisi lebih dari 24 standar) dan Buku Formulir. Keunggulan dari cara ini adalah informasi tentang kebijakan mutu dan manual mutu yang bersifat umum atau sama tidak diulang-ulang. Kelemahannya dalam mengevaluasi mutu dan membuat SOP dalam mencapai standar yang telah ditetapkan menjadi sulit dan terpisah dari dokumen standarnya. Cara kedua, adalah dengan membuat Buku/Dokumen sejumlah standar yang telah dibuat, jika ada 28 standar maka akan ada 28 buku. Di dalam setiap buku berisi Kebijakan Mutu, Manual Mutu, Standar Mutu dan Formulir yang digunakan. Keunggulan dari cara ini adalah manual mutu dari setiap standar (cara penetapan, evaluasi dan peningkatan) menjadi satu dalam dokumen standarnya. Kelemahannya dalam setiap dokumen kebijakan mutu dan manual mutu yang sama akan ditulis ulang pada setiap dokumen standar.
Standar yang dimaksud pada dokumen SPMI bukan Standar Operasional Prosedur (SOP), tapi sebuah target/sasaran yang ingin dicapai pada kurun waktu tertentu oleh PT. Tahap pertama yang harus dilakukan adalah melihat aturan-aturan yang ada sebagai pedoman, misalnya dalam UU No. 14 Tahun 2005 tentang Guru dan Dosen, pasal 46, ayat 2 menyebutkan dosen minimum berpendidikan Magister untuk program Diploma dan Sarjana. Pernyataan ini memperlihatkan bahwa standar untuk dosen minimal berpendidikan Magister (S2). Contoh lain adalah pernyataan standar yang dapat diambil dari instrumen BAN-PT, misalnya tentang rasio seleksi pada standar 3 butir 3.1.1.a menyatakan rasio seleksi yang mempunyai nilai sangat baik adalah > dari 5. Maka pernyataan pada butir tersebut dapat kita jadikan standar di PT. Agar terjadi kesinambungan antara SPMI dan SPME (Akreditasi), maka sebaiknya butir-butir yang ada dalam instrumen BAN-PT, seluruhnya diambil sebagai standar di PT. Sehingga jika terdapat 100 butir instrumen indikator standar penilaian dari BAN-PT, PT setidaknya harus lebih dari 100, sesuai dengan standar visi PT. Setelah dietapkan butir butir standar, maka langkah selanjutnya membuat pernyataan standar menggunakan rumusan ABCD, atau rumusan KPI, atau lainnya yang disepakati.
Yang dimaksud mutu adalah kesesuaian capaian dengan standar, jadi peningkatan mutu adalah peningkatan standar. Untuk mengukur capaian standar perlu ditetapkan terlebih dahulu sasaran mutu dari setiap standar. Contoh yang paling sederhana adalah dengan menggunakan cara penilaian BAN-PT. Setiap standar dibuat hirarkhi indikator mutunya dari mulai dari Sangat Kurang (0), Kurang (1), Cukup (2), Baik (3) dan Baik Sekali (4), atau dapat juga hanya 3 ukuran, kurang (1), cukup (2) dan baik (3), dimana 1 adalah kurang dari nilai 4 dari BAN-PT, 2 adalah sama dengan nilai 4 dan 3 adalah di atas nilai 4 dari BAN-PT (melampaui dalam hal kualitas). Sasaran mutu tersebut secara berkala (setiap semester atau tahun akademik) dilakukan evaluasi atau pengukuran. Cara yang dapat dilakukan agar penilaian mutu ini berjalan secara konsisten, maka dapat dibuatkan sistem IT yang diintegrasikan dengan PD Dikti masing-masing PT, sehingga secara otomatis setiap semester atau tahun akan terevaluasi.
Sebelum tahun 1998, kendali Pemerintah dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi melalui penerbitan peraturan sangat besar, antara lain tentang kurikulum nasional atau kurikulum inti untuk setiap program studi di perguruan tinggi, ujian negara, legalisasi ijazah perguruan tinggi swasta oleh Kopertis, model statuta 'senayan' Gerakan Reformasi pada tahun 1998 telah mengembalikan perguruan tinggi sebagai penyelenggara pendidikan tinggi pada kodratnya, yaitu memiliki otonomi atau kemandirian dalam bidang akademik maupun nonakademik dalam penyelenggaraan perguruan tinggi. Otonomi perguruan tinggi tersebut telah dikokohkan di dalam UU No. 20 Tahun 2003 Tentang Sistem Pendidikan Nasional (UU Sisdiknas). Pasal 50 ayat (6) UU Sisdiknas menyatakan bahwa perguruan tinggi menentukan kebijakan dan memiliki otonomi dalam mengelola pendidikan di lembaganya. Penjelasan pasal tersebut menyatakan bahwa yang dimaksud dengan otonomi perguruan tinggi adalah kemandirian perguruan tinggi untuk mengelola sendiri lembaganya. Sejak tahun 2003 tersebut berbagai peraturan di bidang pendidikan tinggi sebagai bentuk kendali oleh Pemerintah dihapuskan secara bertahap untuk mewujudkan otonomi perguruan tinggi. Penghapusan ini menyebabkan perguruan tinggi harus menetapkan, melaksanakan, mengendalikan, dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tingginya secara otonom atau mandiri untuk menghasilkan pendidikan tinggi yang bermutu. Hal tersebut dilakukan dengan mengimplementasikan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di perguruan tinggi.
Sejak Ditjen Dikti merancang SPMI pada tahun 2003 telah disadari bahwa selain karena otonomi perguruan tinggi, juga setiap perguruan tinggi memiliki nilai, sejarah pendirian, ukuran, kemampuan pendanaan, serta budaya organisasi yang berbeda satu dengan yang lainnya. Karena itu, tidak mungkin dirancang dan ditetapkan satu model SPMI yang harus diimplementasikan di semua perguruan tinggi (one size for all). Dalam hal ini Direktorat Penjaminan Mutu bertugas memberikan inspirasi (inspiring) tentang pilar yang harus ada jika suatu perguruan tinggi akan mengimplementasikan SPMI, dan memfasilitasi agar praktek baik (good practices) di suatu perguruan tinggi dapat dibagikan (sharing) kepada perguruan tinggi lain, sehingga dapat dimanfaatkan segi baiknya dalam pengembangan SPMI di perguruan tinggi tersebut. Adapun implementasi SPMI dan pemngembangannya diserahkan pada semangat dan upaya perguruan tinggi yang bersangkutan (internally driven).
Hubungan antara SPMI dan akreditasi yang dilakukan melalui Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) telah ditetapkan di dalam Permendikbud No. 50 Tahun 2014 Tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi (SPM Dikti). Posisi SPMI sangat strategis dalam upaya perguruan tinggi untuk memperoleh akreditasi, baik akreditasi perguruan tinggi atau program studi, yang dilakukan melalui SPME. Pasal 3 ayat (4) Permendikbud No. 50 Tahun 2014 Tentang SPM Dikti mengatur bahwa luaran penerapan SPMI oleh perguruan tinggi digunakan oleh BAN-PT atau Lembaga Akreditasi Mandiri untuk penetapan status dan peringkat terakreditasi perguruan tinggi atau progam studi. Baik SPMI maupun akreditasi yang dilakukan melalui SPME harus menggunakan data dan informasi yang sama sebagaimana dihimpun dalam Pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PD Dikti). Hal ini diatur dalam Pasal 7 ayat (1) Permendikbud No. 50 Tahun 2014 Tentang SPM Dikti yang menetapkan bahwa data, informasi pelaksanaan, serta luaran SPMI dan SPME dilaporkan dan disimpan oleh perguruan tinggi dalam PD Dikti. Secara skematik ketiga pilar SPM Dikti tersebut, yaitu SPMI, Akreditasi/SPME, dan PD Dikti dapat digambarkan sebagai berikut:
Menurut Pasal 52 ayat (2) UU No. 12 Tahun 2012 tentang Pendidkan Tinggi (UU Dikti) penjaminan mutu dilakukan melalui: a. penetapan standar pendidikan tinggi; b. pelaksanaan standar pendidikan tinggi; c. evaluasi pelaksanaan standar pendidikan tinggi; d. pengendalian pelaksanaan standar pendidikan tinggi; dan e. peningkatan standar pendidikan tinggi.
Menurut Pasal 54 UU Dikti Standar Pendidikan Tinggi (Standar Dikti) terdiri atas: a. Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN Dikti) yang ditetapkan oleh Menteri atas usul suatu badan yang bertugas menyusun dan mengembangkan Standar Nasional Pendidikan Tinggi; dan b. Standar Pendidikan Tinggi yang ditetapkan oleh setiap Perguruan Tinggi dengan mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi. Selanjutnya, Pasal 54 UU Dikti mengatur bahwa SN Dikti merupakan satuan standar yang meliputi standar nasional pendidikan, ditambah dengan standar penelitian, dan standar pengabdian kepada masyarakat. Sedangkan Standar Pendidikan Tinggi yang ditetapkan oleh setiap Perguruan Tinggi terdiri atas sejumlah standar dalam bidang akademik dan nonakademik yang melampaui SN Dikti.
SN Dikti telah ditetapkan oleh Menristekdikti di dalam Peraturan Menristekdikti (Permenristekdikti) No. 44 Tahun 2015 Tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi pada tanggal 21 Desember 2015. Permenristekdikti tersebut merupakan pengganti dari Permendikbud No. 49 Tahun 2014 Tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi.
Struktur Standar Dikti dapat digambarkan sebagai berikut:
Salah satu hal penting di dalam Permenristekdikti tentang SN Dikti adalah bahwa Standar Kompetensi Lulusan, Standar Hasil Penelitian, dan Standar Hasil Pengabdian Kepada Masyarakat merupakan standar yang utama dan pertama, sehingga menjadi landasan dalam penetapan standar-standar lainnya dalam masing-masing kelompok standar. Di samping itu, berdasarkan ketentuan tentang akreditasi program studi dan akreditasi perguruan tinggi, evaluasi implementasi berbagai standar tersebut akan dilakukan dengan mengevaluasi implementasi antar standar, bukan hanya implementasi masing-masing standar. Dengan demikian, mutu pendidikan tinggi selain diukur dari pemenuhan setiap SN Dikti, tetapi harus pula diukur dari pemenuhan interaksi antar Standar Dikti, untuk mencapai tujuan Pendidikan Tinggi.
Perlu dikemukakan bahwa karena ditetapkan oleh setiap perguruan tinggi, maka standar bidang akademik dan standar bidang nonakademik, yang harus melampaui SN Dikti, akan berbeda antar setiap perguruan tinggi. Mengenai macam, jangkauan, kedalaman, serta keluasan masing-masing standar tersebut ditentukan oleh visi perguruan tinggi yang bersangkutan. Pada hakekatnya visi perguruan tinggi merupakan standar induk dari mana standarstandar lainnya harus diturunkan atau dijabarkan. Oleh karena itu, semakin jauh, luas, dan mendalam visi suatu perguruan tinggi, maka semakin beragam jenis dan jumlah Standar Dikti yang ditetapkan oleh perguruan tinggi tersebut.